בימי השופטים נלחמו דבורה הנביאה וברק בן אבינועם בסיסרא שר צבא יבין מלך חצור.אולם כאשר חפר יגאל ידין בחצור הגיע למסקנה שחצור היתה עיר גדולה בתקופת החיקסוס, אך בימי השופטים לא היתה חצור עיר הראויה לשמה.- לפי השחזור ב"תקופות בתוהו", תקופת החיקסוס אכן מקבילה לתקופת השופטים.
בכיבוש צפון כנען הכריעה המערכה של יהושע נגד מלך חצור ובני בריתו במי-מרום. לאחר הנצחון לכד יהושע את חצור:
יהושע יא, 11-10: כי חצור לפנים היא ראש כל הממלכות האלה… ואת חצור שרף באש.
אך חצור התאוששה ובימי השופטים חלשה על כל הארץ :
שופטים,ד, 3-2: …יבין מלך כנען אשר מלך בחצור… לחץ את בני ישרל בחזקה עשרים שנה.
על שחרור בני ישראל בהנהגת דבורה הנביאה וברק בן-אבינועם, שהביסו את סיסרא, שר צבא יבין מלך חצור, מסופר בספר שופטים פרקים ד ו-ה.
מאז 1955 ערך צוות ארכיאולוגים, בראשותו של יגאל ידין, חפירות מקיפות בחצור. לוח הזמנים שלהם מבוסס על הכרונולוגיה המצרית, המקובלת עבור המזרח הקדום. בחפירותיהם מצאו כי בתקופת הברונזה התיכונה ב' (הממלכה התיכונה במצרים) היה בחצור ישוב מבוצר ענק; לאחר מכן היתה חצור שוב עיר חשובה ושלטת בתקופת הברונזה התיכונה ג' – כלומר בתקופת החיקסוס (תקופת הביניים השניה); לעומת זאת בתקופת הברונזה המאוחרת (הממלכה החדשה במצרים) לא היתה חצור עיר של ממש.
בשכבה שידין ייחס לימי השופטים לא היתה כלל חצור עיר הראויה לשמה, וזאת למרות העובדה שלפי ספרי יהושע ושופטים היתה חצור העיר החשובה ביותר, למעשה עיר הבירה, של כנען רבתי עד למורדות החרמון. תוצאות החפירות, בסתירה לנאמר בספר יהושע ושופטים, היו מביכות ביותר והניעו את יגאל ידין להודות בצער:
”לא היתה עיר בחצור [ההדגשה של ידין], ומכאן שבין מלחמת דבורה לבין יבין מלך חצור אין כל קשר“.
אולם, לפי השחזור הנוכחי הרי שתקופת החיקסוס – ומכאן גם ימי שגשוגה של עיר המבצר הגדולה חצור – זוהי אכן תקופת יהושע והשופטים. (בימי המלכים היתה זו עיר מחוז בלבד עד שנשרפה על-ידי תגלת פלאסר השלישי בשנת 732 לפסה"נ. סימני הרס זה אף הם נחשפו על-ידי ידין וצוותו). וכך נמצא לכרונולוגיה המשוחזרת רצף שכבות כמצופה בחצור ושום סתירה עם הנתונים המקראיים.
