אבא נולד בויטבסק, רוסיה, ב-1895, לבית ציוני פעיל.
את אחד מספריו הוא הקדיש לאמו, בלה רחל לבית גרודנסקי, על הדמעה שזלגה על לחיה כאשר בפעם השלישית לא קיבלו אותו לגמנסיה "מדבדניקוב" במוסקבה, על סמך הנומרוס-קלאוזוס שהיה נהוג לגבי ילדים יהודים ברוסיה הצארית. בפעם הרביעית התקבל, ולאחר שמונה שנים סיים עם מדליה של זהב, שהיתה דרושה ליהודים כדי להתקבל לאוניברסיטה. אולם בדיוק באותה שנה קבעו שיהודים יתקבלו על-ידי הגרלה, ולא על סמך מדליה של זהב. לכן, ב-1913, התחיל ללמוד במונטפליֶה, בצרפת, שם למדו יהודים רבים מרוסיה. רובם היו בונדיסטים. הוא היה ראשון שהעז לדבר על ארץ ישראל, ואירגן שם קבוצה ציונית, הפסיק את לימודיו ויחד עם עוד סטודנט נסע לביקור בארץ.
לאחר שחזר מהביקור בארץ התחיל ללמוד רפואה באדינבורג, סקוטלנד. אז, ב-1915, קיבלו אותו ללימודי רפואה באוניברסיטת מוסקבה.
אביו, שמעון יחיאל וליקובסקי, עמד בראש קבוצת הציונים במוסקבה, ובעזרת כספים שאספו רכש את אדמות רוחמה – שהיתה אז הנקודה הדרומית ביותר בנגב – הוא גם נתן לג'ממה את שמה רוחמה.
היחלצות מרוסיה
ב-1918, כאשר מצאו אצל אחד הפעילים את רשימת הציונים במוסקבה, הזהירו את שמעון וליקובסקי לא לחזור הביתה, פן יאסרו אותו. אז הפסיק עמנואל את לימודיו וניסה להוציא את הוריו מרוסיה דרך אוקראינה וקווקז, היה זה בזמן הרבולוציה, מסע הרפתקאות שארך כשלוש שנים. לאחר שהצליח להוציאם מרוסיה ולשלחם לארץ, חזר לגמור את לימודי הרפואה באוניברסיטה במוסקבה ב-1921.
כאשר הצליח שמעון וליקובסקי להוציא קצת מרכושו מרוסיה, ורצה ליזום מפעל בעל מעוף (לאחר שכבר יזם ומימן שני קבצים של "שפתינו – קובץ מוקדש לשאלות הרחבתה ותחיתה של הלשון העברית", (בהם השתתף גם שאול טשרניחובסקי) – הציע עמנואל לאביו הקמת במה מדעית עבור מדענים יהודים מכל העולם. כי, כפי שכתב: היהודי היה ידוע כסוחר, בנקאי, כל אחד ידע שרוטשילד יהודי, אך תהילת מדעני האומה השתייכה לעמים אחרים.
הרעיון מיד מצא חן בעיני אביו. ואז, בשנים 21-23', לאחר שקיבל את ברכת חיים ויצמן, ערך והוציא לאור שני קבצים של "כתבי האוניברסיטה ובית הספרים בירושלים", בכספי אביו. במשך שנתיים וחצי הצליח לאסוף מאמרים ממדענים יהודים ידועים ברחבי העולם, להעביר אותם לעריכה מדעית ואף למצוא להם מתרגמים לעברית, כך שכל מאמר יצא בשפת המדען, ובתרגום לעברית. כמו כן מצא בית דפוס שיכול היה להדפיס נוסחאות מתמטיות מסובכות ואותיות בעברית, ביוונית, בכתב יתדות ועוד.
הוא קיבץ את עבודות המחקר בשני כרכים, לקראת פתיחת האוניברסיטה בירושלים, בכרך "קדם ויהדות", ובכרך "מתמטיקה ופיסיקה". את האחרון הסכים אינשטין לערוך, וכך נפגשו מדי פעם. אבא סיפר שבאחת מפגישותיהם, כאשר אינשטין עדיין לא היה משוכנע שיש לשמר את זהות העם היהודי והעיר: "וכי אין כל הגזעים עתיקים באותה מידה?", הפנה אבי את מבטו למרצפות הרחוב ואמר, "גם אבני מרצפות הרחוב עתיקות אך אין משמרים אותן במוזיאון."
תוך כדי עבודתו על "כתבי האוניברסיטה" פגש את אמי אלישבע קרמר, שלמדה כינור בברלין, והתנדבה לעזור. על אותה תקופה סיפרה אמי, שבאה מבית דתי, שכאשר הגיע ערב שבת, ביקשה להפסיק את עבודתה, ליגלג עליה חבר אחר, שגם עזר בהוצאת הכתבים, ואמר: "את פוחדת שיענישו אותך בשמים אם לא תשמרי שבת?" והיא ענתה: "לא, אך אותך מענישים כבר כאן, לי יש שבת מנוחה, ולך אין".
בארץ
ב-1924, כאשר גמר אבא את עריכת כתבי האוניברסיטה, עלו ארצה. כשלוש שנים בירושלים, ולאחר מכן על הכרמל, בשנים 1927-30, שימש כרופא. על הכרמל היה לעתים נוסע לחוליו על חמור, ובחצר היתה באר לשאיבת מים, ולעתים עוד קנו מים בפחים.
אמא היתה מורה לכינור, ועמדה בראש רביעיה שנתנה קונצרטים ברחבי הארץ.
לאחר שלמד פסיכואנליזה אצל שטקל, תלמידו של פרויד, עבד כפסיכואנליטיקאי בתל-אביב. הוא פירסם מאמרים, ב"הרפואה" וב"אימגו" של פרויד. באחד ממאמרים אלה היה הראשון להציע שימצאו גלי מוח אופיניים לחולי אפילפסיה.
לאחר שאביו, שמעון יחיאל, נפטר בשנת תרצ"ז, ניסה להקים אקדמיה למדעים בירושלים שתקבץ מדענים יהודים מרחבי העולם, והתחיל להוציא "כתבי אקדמיה" לזכר אביו. הוא הספיק להוציא שתי חוברות – הראשונה עסקה בכימיה מאת חיים ויצמן וארנסט ברגמן.
זיהוי ראשון
אבא התכתב עם פרויד והתענין בדמויות שפרויד הזכיר בספריו והתחיל לכתוב את "אדיפוס ואחנאתון". אז לקח שנת שבתון, ונסע עם כל המשפחה לארצות הברית. שם חשב לגמור את ספרו, אבל אז, כפי שהוא מספר (בחרם בשם המדע), התחיל לחפש קשר כלשהו בין תולדות ישראל להיסטוריה של מצרים, ומצא קשר כזה בפפירוס מצרי, ומשם הבין שיש טעות בכרונולוגיה המצרית.
כחצי שנה לאחר מכן, כאשר קרא בספר יהושע על הנס של "שמש בגבעון דום וירח בעמק אילון", התרשם מן העובדה שבפסוק מיד לפני כן מסופר שהקב"ה השליך אבנים גדולות מן השמים. כפי שכתב ב"חרם בשם המדע": "מאחר שכותב דברי הימים הקדום לא ידע על הקשר האפשרי שבין שובל ענק של מטאוריטים לבין השיבושים שיכול היה תיאורטית לגרום לסיבוב כדור הארץ, הסבירות שיצרף שתי תופעות אלו קטנה ביותר, אלא אם אכן היה קשר ביניהן. אך אם היו אלה תופעות טבע שנצפו כעצירה של גרמי השמים, חייבים היו לחוות אותן גם בחלקי עולם אחרים." למחרת ובמשך עשר שנים בילה בספריות ימים ולילות על שני הספרים במקביל – "עולמות מתנגשים" ו"תקופות בתוהו".
הפולמוס
עם פרסום ספרו, "עולמות מתנגשים" ב-1950, החל רעם של ויכוחים שהדיו מהדהדים עד היום. הספר – שהחליף מו"לים בלחץ חרם האסטרונומים שעה שעמד בראש רשימת רבי המכר באמריקה – משחזר את היקפן של תהפוכות טבע שעברו על כדור-הארץ מתוך זכרונו הקולקטיבי של המין האנושי – ממצרים ועד נורבגיה, ממקסיקו ועד סין – שנגרמו עקב התקרבות של גרם שמימי בזמן יציאת-מצרים ושוב בימי יהושע בן-נון.
לאחר שנתיים, ב-1952, פירסם את "תקופות בתוהו – שחזור ההיסטוריה העתיקה". בספר זה מתגלים זיהויים מעניינים ומרגשים כגון, פפירוס מצרי המדבר על דם במים, תבליטים מצריים המתארים את מסעה של מלכת שבא אל המלך שלמה, ועוד תגליות רבות הנובעות מן השחזור המוצע והמורות על הצורך לקצר את הכרונולוגיה המצרית בכחמש מאות וחמישים שנה. מאחר שהארכיאולוגיה בכל המזרח התיכון מתבססת על הכרונולוגיה המצרית, התיקון שהציע פותר את אי ההתאמות בין קורות ישראל ומצרים ומתוך כך באות על פתרונן גם הסתירות שמוצאים ארכיאולוגים עם התיעוד התנ"כי.
אבא לא היה פונדמטליסט, אך שמח למצוא שהתנ"ך מסמך היסטורי מאוד אמין.
ב-55' יצא ספרו הגיאולוגי, "ארץ רעשה", כתשובה למבקרים הקולניים נגד "עולמות מתנגשים" שטענו כי לא ניתן לשנות תפיסות במדע על סמך מסורות-עם. ב"ארץ רעשה" הביא הוכחות גיאולוגיות לנטען ב"עולמות מתנגשים".
ואז, ב-1962, החלו להגיע תגליות מחקר החלל שהפתיעו את האסטרונומים אולם אישרו רבות מתחזיותיו ב"עולמות מתנגשים". לאחר שהתגלו תגליות אלה התחילו להזמין אותו להרצאות ולסימפוזיונים באוניברסיטאות כגון הארווארד ופרינסטון ובמוסדות מחקר כמו נאסא, RCA, ועוד.
הוראס קאלן, שעמד בראש New School for Social Research בניו-יורק, כתב על התזות של וליקובסקי:
"עוצמת הדמיון המדעי, תעוזת המבנה והיקף המחקר והמידע ממלאים אותי הערצה. אם התיאוריה שלו תוכח כנכונה אזי לא רק על אסטרונומיה אלא גם על ההיסטוריה ורבים ממדעי האנתרופולוגיה ומדעי החברה לשקול מחדש, הן את תוכנם והן את הסבריהם."
ולכן כל כך קשה למדענים לקבל תיאוריה כזו. או כפי שכתב ד"ר עזריאל קרליבך במאמר גדול ב"מעריב": "ועתה צא ולמד, כיצד יתקוממו, יעמדו על נפשותיהם כל המלומדים האלה על וליקובסקי זה. כי הוא חטא בשני העוונות שאין להם כפרה גם יחד: גם בגאוניות וגם בכל מקצועיות…"
אחרי שאבא נפטר בכ"ז בחשון, תשל"ט, הצליחה אמי להוציא עוד שניים מספריו שנשארו בכתב-יד.
אחד מהם הוא "חרם בשם המדע", שם מספר אבא כיצד הגיע לרעיונותיו, וכיצד הגיב ליחס חסר התקדים שהיה עליו לשאת ממבקריו. אולם היו גם מדענים בעלי גישה שונה. כפי שכתב: "מבין האנשים שבלטו בתחומם ושהפגינו כלפי, מתחילת מחקרי ובמשך השנים, יותר מענין וסימפטיה חולפים, היו: אלברט אינשטין, רוברט פפיפר, אוריאנטליסט [באוניברסיטת הארווארד]; הוראס קאלן, פילוסוף ומחנך; וולטר אדאמס, אסטרונום [מנהל מצפי הכוכבים מאונט וילסון ומאונט פאלומר]; והרי הס, גיאולוג [דיקן הפקולטה לגיאולוגיה באוניברסיטת פרינסטון, ויושב-ראש מועצת מדעי-החלל באקדמיה למדעים של ארה"ב]. הם היו מעטים, אך כל אחד מהם היה גדול גם כבן-אדם."
